Het Panneweelmoeras is ontstaan als een ondiep wiel of “panne” bij een beperkte doorbraak van de Grote Geule doorheen de smalle dekzandrug waarop nu de Krekeldijk ligt. Dit gebeurde bij de inundatie van de veengebieden van de Beneden-Schelde tijdens de Tachtigjarige Oorlog (1568-1648).
De geringe diepte van het wiel of weel en de combinatie van niet al te voedselarm kwelwater op een zandige bodem met dunne klei- en veenhorizonten zorgden voor een rijke plantengroei waardoor het wiel snel ging dichtgroeien en vervenen. De vorming van veen of moer gebeurt doordat afgestorven planten onder water traag verteren en zich opstapelen. In het Panneweel gaan deze halfverteerde planten onder druk van moerasgas drijven. Op deze drijvende eilandjes kunnen planten kiemen als Hoge cyperzegge, Waterzuring, Watermunt, Grote kattenstaart en Smalle lisdodde. Wanneer deze beginnende “drijftil” permanent boven water blijft komen daar ook Wateraardbei, Moerasvaren, Bitterzoet en soms Galigaan bij. Al snel verschijnen ook de eerste bomen: Zwarte els en Grauwe wilg. Deze laatste groeit sterk en de uitdijende struik maakt vlug een einde aan het drijfvermogen van het trilveen. Het moeras gaat dan over in een wilgenbroek: wilgenstruiken met de voeten in het water. Door maaien, kappen en misschien ook wel door uitbaggeren van veen of turf hebben de mensen uit de omgeving eeuwenlang de evolutie naar bos afgeremd.
Maar sinds de zestiger jaren van vorige eeuw grijpt dit proces steeds sneller om zich heen. Het waterpeil is gezakt door het steken van een duiker onder de Krekeldijk (1968) en door de ruilverkavelingswerken in de omliggende polders (1983-1991). De kweldruk is afgenomen door een algemene verlaging van het polderpeil. Het Panneweel komt ’s zomers steeds sneller droog te staan. En door de sterk toegenomen bemesting in de omgeving verruigt de begroeiing en verschijnen er meer ongewenste planten. Door al deze factoren zijn zeldzaamheden als Gewoon blaasjeskruid, Kikkerbeet en Krabbenscheer verdwenen of bedreigd.
Natuurpunt tracht door kleinschalig beheer en aangepaste ingrepen het verlies aan biodiversiteit in dit slechts 2,7ha grote reservaat te stoppen. Soms leidt dit tot verrassende resultaten. Na graafwerken tot op de minerale bodem bij het herstel van gedempte singels in 1992 kiemden er enkele zeldzame kleine zeggensoorten als Stippelzegge, Dwergzegge en Geelgroene zegge. In 2008 verscheen Kikkerbeet terug, na jarenlange afwezigheid, bij het ontwortelen en uittrekken van wilgen in het moeras. Eerder(1980?) was dit ook het geval met Gewoon blaasjeskruid en Grote Boterbloem.
Het is niet zeker dat de grote botanische rijkdom van het Panneweel zal kunnen behouden blijven. Een doorgedreven zorgvuldig beheer is noodzakelijk maar niet voldoende. Veel abiotische factoren (waterstand, waterkwaliteit, bemestingsinvloeden, klimaatwijziging) hebben de beheerders nauwelijks of niet in de hand. De Ruilverkaveling Meerdonk heeft nagelaten een bufferzone rond het reservaat te leggen en het Bestuur van de Polder, de eigenaar van het moerasperceel, weigert een goedkeuring te geven aan een aanvraag tot erkenning als natuurreservaat of om werken te laten uitvoeren ter verhoging van het waterpeil.