Het Sint-Jacobsgat is gelegen op een stuifzandrug ontstaan na de jongste ijstijd op de tertiaire zandbank. Aan de rand van deze duinen was er tot de Middeleeuwen een veenmoeras. Veen en zand werden bij de grote overstromingen en militaire inundaties (15de tot 17de eeuw) overspoeld met klei en zand. Bij een van deze stormvloeden brak de Krekeldijk door en ontstond er een kleine doorbraakgeul ter hoogte van het perceel naar de Turfbankenpolder. In 1627 werd de dijk terug hersteld met een kraag rond deze geul. Het perceel werd daarna gebruikt als wei- en akkerland met moerassige stroken op de laagst gelegen delen. De doorbraakgeul bleef bestaan tot 1977 toen hij bij baggeringswerken werd opgevuld. Tot 1980 was het in gebruik als weiland, daarna als akkerland. De aanplant van populieren rondom het perceel dateert van deze periode. 

Het Sint-Jacobsgat werd tot 1999 intensief gebruikt als akker, daarna lag het braak tot het voorjaar 2000. Vanaf dan mag de vegetatie zich spontaan verder ontwikkelen, weliswaar met seizoensbegrazing. De beoogde doelstelling (2002) is een herstel van het vroegere reliëf met een geleidelijke overgang van kreekmoeras naar vaste oever en met een ondiepe restant van een doorbraakgeul, een half open landschap dat zowel aansluit bij de grazige beplante Krekeldijk als bij de moerasvegetatie van de kreekplassen en het ontwikkelen van een grazige bloemrijke vegetatie met braamopslag, struweel en bomen.

Anno 2013 is het gebied ontwikkeld tot een lappendeken van kleine en grote struiken en bomen afgewisseld met open plekken en staat garant voor een grote soortenrijkdom. Afwatering geschied door een grenssloot, een beek aan de westelijke grens en naar de kreekplas toe.

Terreinstudie in kader van opleiding CVN-natuurgids - Brigitte Van Passel - 2013